• 系统版本：Windows 11 专业版
• 系统版本号：24H2
• 软件环境：OVITO Basic (Open Visualization Tool)
• 软件版本：Version 3.9.2

1、导入数据文件

1. 启动 Ovito。
2. File -> Load File… (或直接将文件拖入 Ovito 窗口)。
3. 选择包含原子位置信息的文件（如 .dump, .lammpstrj, .xyz, .cfg, .POSCAR 等）。

• 此处导入的是Lammps的data文件，文件名为Cu50Zr50.data，包含32000个原子，其中Cu原子16000个，Zr原子16000个。

2、添加 Voronoi Analysis 修饰器

• 界面右侧上部位置点击Add modification—>Analysis—>Voronoi analysis

3、配置 Voronoi Analysis 参数

• 设置铜原子和锆原子半径（按需选择）
  1. 点击Particle types
  2. 在选项下点击Cu
  3. 下方输入Display radius：1.28
  4. 在选项下点击Zr
  5. 下方输入Display radius：1.60
  

• 点击上方Voronoi Analysis继续配置 Voronoi Analysis 参数：
  1. 勾选Compute Voronoi indices（这用于计算 Voronoi 指数）
  2. 勾选Generate neighbor bonds （如果启用此选项，修改器会在共享 Voronoi 面的相邻粒子之间生成键（bonds）。对于每一个 Voronoi 面，只要其面积大于设定的“面面积阈值”且至少有三条边的长度大于“边长阈值”，就会生成一个键。）
  3. 勾选Use particle radii（按需勾选，如果你想考虑不同原子大小（加权 Voronoi），可以勾选此选项。默认为均一大小。）
• 勾选后，我们可以看到下方Particles栏目里最后两列出现 Voronoi Index 和 Max Face Order列。

4、选中目标团簇的中心原子

1. 界面右侧上部位置点击Add modification—>Selection—>Expression selection

2. 配置Expression selection参数，在Boolean expression内输入下方的内容（可根据需要修改，我们这里选择<0,0,12,0>二十面体团簇）

   VoronoiIndex.1==0&&
   VoronoiIndex.2==0&&
   VoronoiIndex.3==0&&
   VoronoiIndex.4==0&&
   VoronoiIndex.5==12&&
   VoronoiIndex.6==0&&
   VoronoiIndex.7==0&&
   VoronoiIndex.8==0&&
   VoronoiIndex.9==0&&
   VoronoiIndex.10==0

   
3. 界面右侧上部位置点击Add modification—>Selection—>Invert selection
4. 界面右侧上部位置点击Add modification—>Selection—>Delete selected
5. 此时左侧Perspective界面中显示的是全部的<0,0,12,0>团簇的中心原子，然后我们选一个比较靠近中间位置的原子作为目标中心原子，例如，此处我们选择的是3074号Cu原子

6. 界面右侧上部位置再次点击Add modification—>Selection—>Expression selection
7. 配置Expression selection参数，在Boolean expression内输入下方的内容

   ParticleIdentifier==3074

   
8. 依次取消勾选开始的Expression selection Invert selection Delete selected

5、选中周围原子

1. 界面右侧上部位置点击Add modification—>Selection—>Expand selection（目的是选中3074号原子的周围原子）

2. 界面右侧上部位置再次点击Add modification—>Selection—>Invert selection
3. 界面右侧上部位置再次点击Add modification—>Selection—>Delete selected

6、略作调整

• 首先，可适当调整原子半径和大小

1. 界面右侧上部位置点击Add modification—>Selection—>Manual selection

2. 点击Select all
3. 界面右侧上部位置点击Add modification—>Visualization—>Coordination polyhedra
4. 界面右侧上部位置点击Add modification—>Visualization—>Coordination polyhedra
5. 后续还以修改原子颜色等等，自己合适美化即可。

7、导出团簇

1. 导出设置如下
2. 点击Render active viewport即可导出

参考资料

1. Voronoi analysis — OVITO User Manual 3.12.4 documentation
2. 分子动力学-ovito-Voronoi团簇绘制